Nacido en Morelia el 02 de Diciembre de 1952, del matrimonio formado por el Señor Elpidio Fernández Pérez (+) y la Sra. Ma. del Carmen Hurtado Alva. Son 11 hermanos, 6 hombres y 5 mujeres, Mons. José Antonio es el 4°.
En 1970 es enviado al Seminario de Montezuma, Nuevo México (U.S.A) a estudiar 1° y 2° de filosofía bajo la dirección de los padres jesuitas; concluye sus estudios de filosofía en el Seminario Interregional de Tula, Hgo. en 1973.
En septiembre de 1974, regresa al Seminario Mayor para realizar sus estudios de cuatro años de teología, teniendo a los padres jesuitas como sus formadores.
Es ordenado sacerdote el 14 de octubre de 1978, por la imposición de manos del Excmo. Sr. Obispo Jesús Sahagún de la Parra (1er. Obispo de Tula).
Los Ministerios y Oficios desempeñados en su vida sacerdotal y episcopal:
El 11 de febrero de 2005 Su Santidad San Juan Pablo II lo designa II Obispo de la Diócesis de Tuxtepec.
EL 11 de mayo de 2005 es consagrado Obispo en la Ciudad de San Juan Bautista, Tuxtepec, Oaxaca por el Excmo. Sr. Obispo Octavio Villegas Aguilar.
Desde 2008 es Responsable de la Dimensión de la Familia, Juventud y Laicos de la Provincia Eclesiástica de Oaxaca.
Titular ante el Consejo Nacional de la Basílica de Santa María de Guadalupe (Trienio 2009 – 2012 – 2012 – 2015).
Responsable Nacional de la Dimensión de Pastoral de la Catequesis de la Conferencia Episcopal Mexicana (CEM) (Trienio 2009 – 2012 – 2012 – 2015).
El 26 de septiembre de 2014, el Santo Padre Francisco lo nombra Arzobispo Metropolitano de Durango.
El 25 de enero de 2019 el Santo Padre Francisco lo nombra Arzobispo Metropolitano de Tlalnepantla.