Cardenal Carlos Aguiar Retes nació el 9 de enero de 1950 en Tepic, Nayarit, dentro de una familia muy devota, constituida por sus padres, el señor Carlos Aguiar Manjarrez y la señora María Teresa Retes Pérez, y por seis hijos, de los cuales es el segundo. Entre 1961 y 1969 realizó los estudios de Humanidades y Filosofía en el seminario de Tepic. Posteriormente cursó Teología en el Seminario de Montezuma, Nuevo México de 1969 a 1972, y en el de Tula, Hidalgo, de 1972 a 1973.
Fue ordenado diácono el 24 de diciembre de 1971. El 22 de abril de 1973 recibió el Orden Sacerdotal en la Catedral de Tepic. Ese año empezó a colaborar como vicario parroquial en la Parroquia de Santa María Goretti, donde permaneció hasta 1974, cuando fue enviado a Roma (1974-1977) para estudiar en el Pontificio Colegio Pio Latino Americano; obtuvo la Licenciatura en Sagrada Escritura en el Pontificio Instituto Bíblico de Roma. Tras haber vuelto de su estancia romana, recibió el nombramiento de Rector del Seminario de Tepic; desempeño ese cargo de 1978 a 1991. Durante casi los mismos años (1979-1991) fungió como fundador y capellán del club Serra. Asimismo, presidió la Organización de Seminarios Mexicanos entre 1986 y 1990, y fue vocal de la Dirección de la Organización de Seminarios Latinoamericanos entre 1986 y 1990.
Hacia 1991 regresó a Roma, Cinco años más tarde, el 7 de junio de 1996 se doctoró en Teología Bíblica dentro de la Pontificia Universidad Gregoriana, con la tesis “La crítica de los profetas al ayuno”, bajo la dirección del padre Horacio Simian-Yofre, Profesor del Pontificio Instituto Bíblico de Roma. A raíz de su erudito conocimiento de otras lenguas –italiano, inglés, francés, alemán-, perteneció, entre 1992 y 1996, al equipo de estudiosos de la Biblia que preparó la edición de la Biblia de América.
Entre 1996 y 1997 ocupó la cátedra de Sagrada Escritura en la Pontificia Universidad de México, donde también fue rector de la Residencia Juan XXIII para Sacerdotes. El 28 de mayo de 1997 su Santidad Juan Pablo II lo preconizó Tercer Obispo de Texcoco. Recibió la consagración episcopal el 29 de junio de ese mismo año.
Fue nombrado Secretario General del Consejo Episcopal Latinoamericano CELAM el 23 de mayo de 2000, en sustitución de Monseñor Felipe Arizmendi, para concluir el cuatrienio 1999-2003. El 15 de mayo de 2003, dentro de la XXIX Asamblea Ordinaria del CELAM en Paraguay, recibió el cargo de primer vicepresidente del Consejo para el cuatrienio 2003-2007.
Dentro de la Conferencia del Episcopado Mexicano CEM, en la LXXVI Asamblea Ordinaria para el trienio 2004-2006, fue Secretario General de la Conferencia. Durante la LXXXII Asamblea Ordinaria, en noviembre de 2007, se lo encomendó la Presidencia de la CEM para el trienio 2007-2009.
El 8 de marzo de 2007, el Sumo Pontífice Benedicto XVI lo nombró miembro del Pontificio Consejo para el Dialogo Interreligioso durante el quinquenio 2007-2012.
Participó en la V Conferencia General del Episcopado Latinoamericano y del Caribe, en Aparecida, Brasil, entre el 13 y el 31 de mayo de 2007. Durante la XXXI Asamblea Ordinario del CELAM recibió la Presidencia del Departamento de Comunión Eclesial y Diálogo para el periodo 2007-2011.
Durante la XXXI Asamblea Ordinaria del CELAM es nombrado Presidente del Departamento de Comunicación Eclesial y Diálogo para el período 2007 - 20011.
El 3 de febrero de 2009 Su Santidad Benedicto XVI lo nombró Arzobispo de Tlalnepantla, en sustitución de Monseñor Ricardo Guízar Díaz. Tomó posesión el 31 de marzo, durante la ceremonia litúrgica que se celebró en la capilla abierta de San Miguel Arcángel, ubicada en la Basílica de la Virgen de los Remedios. El Nuncio Apostólico Cristopher Pierre le entregó la Bula Papal, o Carta Apostólica y el báculo, con lo que se convirtió en el tercer Arzobispo de la Arquidiócesis de Tlalnepantla.
Fue reelecto como presidente de la CEM para el trienio 2009-2012, en noviembre de 2009, durante la LXXXIX Asamblea Plenaria. Monseñor Aguiar Retes recibió la Presidencia del CELAM para el periodo 2011-2015 el 18 de mayo en sucesión de Monseñor Raymundo Damasceno durante la XXXII Asamblea Ordinaria del CELAM celebrada en la ciudad de Montevideo, Uruguay.
En su primera Visita Pastoral a nuestra Arquidiócesis, ya como Arzobispo de Tlalnepantla percibió la urgencia de una renovación pastoral. Tras haber conocido más profundamente la realidad de la Arquidiócesis, realizó un proyecto Diocesano de evangelización y renovación pastoral. Dicho proyecto buscaba encarnar la doctrina del Concilio Vaticano II, así como responder al llamado de la Nueva Evangelización.
El proyecto Diocesano debía ser nuevo en su ardor, al fomentar la espiritualidad de Comunión; nuevo en sus métodos, al adoptar la metodología prospectiva; y nuevo en sus expresiones al buscar una Pastoral íntegra y orgánica.
Durante la fiesta de los Santos Arcángeles Miguel, Gabriel y Rafael, el 29 de septiembre de 2011, escribió para nuestra Arquidiócesis su primera Carta Pastoral, “Amigos de la vida, constructores de comunión”.
En septiembre de 2013 comenzó la Visita Pastoral a todas parroquias de la Arquidiócesis de Tlalnepantla extendiéndola en 2016 a las comunidades religiosas con sus colegios y universidades. En mayo del 2015 instauró la Gran Misión Católica donde más de 40 mil misioneros salieron a tocar puertas haciendo un llamado a los alejados de la Iglesia con el fin de formar comunidades contribuyendo a la reestructuración del tejido social.
Fue creado Cardenal en el Consistorio de 2016 por S.S. Francisco en la Basílica de San Pedro, el 19 de noviembre del 2016.
El 7 de diciembre del 2017 S.S. Francisco lo nombró Arzobispo de la Arquidiócesis Primada de México.